Anfang des 19. Jahrhunderts entstanden auf deutscher Seite drei unabhängige Schifffahrtsunternehmen: 1824 in Friedrichshafen. 1830 in Konstanz und 1835 in Lindau. Mitte des Jahrhunderts wurden sie Teil der staatlichen Eisenbahnverwaltungen. Bei der Integration der BSB in die Stadtwerke Konstanz gab es anfänglich Spannungen in Lindau, da der bayerische Löwe nun im badischen Hafen stand. Eine einvernehmliche Lösung wurde jedoch schnell gefunden.

Die neuen Motorschiffe, wie die MS „Baden“, hatten in der ersten Klasse eine gediegene Ausstattung, fast wie im heimischen Wohnzimmer. Seit Mitte des 19. Jahrhunderts fuhren die Bodenseeschiffe unter der Flagge der Eisenbahn und ab 1920 der Deutschen Reichsbahn. In den 1920er Jahren entstanden die ersten Motorschiffe, die nach und nach die Dampfschiffe ersetzten, da sie wirtschaftlicher waren.

Der Zweite Weltkrieg führte 1944 zur Einstellung des Bodensee-Schiffverkehrs. Ein NS-Befehl forderte gar die Versenkung der in Lindau und Bregenz stationierten Schiffe – durch eine geheime Kooperation auf deutscher und Schweizer Seite konnten die Schiffe in die Schweiz überführt werden. Diese Anekdote zeigt, wie groß all die Jahrzehnte die Verbundenheit am See war und ist. 

In den Jahrzehnten nach dem Krieg trugen Passagiere noch Jackett und Krawatte. Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde das deutsche Bodenseegebiet in die französische Besatzungszone eingegliedert. 1948 wurde der Schiffsverkehr wieder aufgenommen, und 1952 übernahm die Deutsche Bundesbahn die Flotte. Nach deren Privatisierung kam sie zur Deutschen Bahn AG. In den folgenden Jahren erlebte die Bodenseeschifffahrt einen großen Aufschwung. Die Flotte wurde modernisiert, und 1967 wurden die letzten Dampfschiffe durch Motorschiffe ersetzt.

Die Bahn machte es möglich: direkter Anschluss vom Schiff zum Bus im Konstanzer Hafen. Der Name BSB entstand erst in den 60-er Jahren. Um die Verwaltung zu vereinfachen und die Wirtschaftlichkeit zu erhöhen, wurde 1962 das Amt „Bodensee-Schiffsbetriebe (BSB)“ in Konstanz gegründet. Es unterstand der Bundesbahndirektion Karlsruhe. Dem Amt wurden die Bundesbahnhäfen Lindau, Friedrichshafen und Konstanz unterstellt – die drei Häfen gehören auch heute noch zu den BSB.

Im Jahr 2003 kauften die Stadtwerke Konstanz die BSB, die seitdem als Tochtergesellschaft zum Konzern gehört. Sie bietet mit einer Flotte von 14 Schiffen einen regelmäßigen Kursverkehr auf dem gesamten Bodensee an sowie Ausflugs-, Programm- und Charterfahrten. Außerdem betreiben die BSB gemeinsam mit der Schweizerischen Bodensee-Schifffahrt (SBS) die Fährverbindung Friedrichshafen-Romanshorn.